Lets Encrypt: issues with custom nginx rewrites

Hi,
I am using a CMS (REDAXO) and have to post a custom nginx rewrite rule. As soon as I inject it, it will break creation of lets encrypt certificates.
Can anybody help me to fix this issue?

Code:

charset utf-8;

# OPTIONAL von HTTP auf HTTPS weiterleiten, Kommentare entfernen falls nötig
#if ($https !~ "on"){
#    set $rule_8 1;
#}
#if ($rule_8 = "1"){
#    rewrite ^(.*)$ https://$server_name$request_uri permanent;
#}

rewrite ^/sitemap\.xml$                           /index.php?rex_yrewrite_func=sitemap last;
rewrite ^/robots\.txt$                            /index.php?rex_yrewrite_func=robots last;
rewrite ^/media[0-9]*/imagetypes/([^/]*)/([^/]*)  /index.php?rex_media_type=$1&rex_media_file=$2&$args;
rewrite ^/images/([^/]*)/([^/]*)                  /index.php?rex_media_type=$1&rex_media_file=$2&$args;
rewrite ^/imagetypes/([^/]*)/([^/]*)              /index.php?rex_media_type=$1&rex_media_file=$2;

if ($uri !~ "^redaxo/.*"){
    set $rule_6 4$rule_6;
}

if ($uri !~ "^media/.*"){
    set $rule_6 5$rule_6;
}

if (!-e $request_filename){
    rewrite "^(.*)$" /index.php?$query_string last;
}

#!!! WICHTIG !!! Zugriff auf alle Dateien mit . verbieten (könnte ja eine alte .htpasswd enthalten sein)
# ACHTUNG: nicht nutzen, falls auf der selben Instanz Let's Encrypt läuft, da ansonsten .acme-challange fehlschlägt.
# In diesem Fall bitte die nächste Zeile mit # auskommentieren
location ~ /\. { deny  all; }

# Zugriff auf diese Verzeichnisse verbieten
location ^~ /redaxo/src { deny  all; }
location ^~ /redaxo/data { deny  all; }
location ^~ /redaxo/cache { deny  all; }
# Ab REDAXO 5.4 muss folgende Zeile dazu
location ^~ /redaxo/bin { deny  all; }


# In einigen Fällen könnte folgende Anweisung zusätlich sinnvoll sein.

location ~ /\.(ttf|eot|woff|woff2)$ {
    add_header Access-Control-Allow-Origin *;
    expires 604800s;
}

P.S: even if I remove the line
location ~ /\. { deny all; }

it wont work.